Biología

Especies nuevas a partir de datos viejos

(NC&T) El descubrimiento resalta el valor de los datos genómicos no analizados de grandes proyectos de secuencias genómicas, disponibles online.

Steven Salzberg, del Instituto para Investigación Genómica en Maryland, y sus colegas identificaron tres especies nuevas de la bacteria Wolbachia a partir de secuencias genómicas de la mosca de la fruta Drosophila almacenadas en el Trace Archive.

El Trace Archive es un depósito público de datos genómicos en bruto de los proyectos de secuenciación. Cuando el cromosoma de un organismo es puesto en secuencia, el cromosoma de una bacteria endosimbiótica, que vive dentro del organismo, puede quedar incorporado en los datos, contaminando la secuencia genómica final del organismo anfitrión. Examinar las secuencias en bruto puede conducir a la identificación de endosimbiontes previamente desconocidos.

Salzberg y sus colegas examinaron los cromosomas recién secuenciados de siete especies diferentes de la Drosophila, usando el cromosoma de la bacteria Wolbachia pipientis wMel como patrón. De la Drosophila ananassae, recuperaron 32.720 secuencias que encajaban con la variedad del wMel. Esto produjo un nuevo cromosoma de 1.440.650 bp, que identificaron como la nueva especie Wolbachia wAna. Usando la misma técnica, identificaron a la Wolbachia wSim en el cromosoma de la D. simulans y a la Wolbachia wMoj en el cromosoma de la D. mojavensis.

El equipo comparó los nuevos cromosomas Wolbachia con el cromosoma del wMel y encontró un número de genes nuevos ­hasta 464 genes en wAna­ así como también un signo de reordenación extensiva entre el wMel y el wAna, señalando que las dos cepas divergen significativamente. Las dos cepas más estrechamente relacionadas son wAna y wSim, que tienen genomas casi idénticos. La wMel y la wMoj comparten aproximadamente un 97 por ciento de sus cromosomas con la wAna y la wSim, pero están un poco más distantes una de otra.

Estos descubrimientos podrían ayudar a esclarecer un poco la evolución de endosimbiontes bacterianos, y también arrojar algo de luz sobre los mecanismos que estos organismos usan para alterar el ciclo celular del anfitrión con el fin de reproducirse.


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