Se debe distinguir entre tres acepciones en las que se unen la biología y la informática, pero con objetivos y metodologías bien diferenciadas:
Bioinformática o Biología Molecular Computacional: investigación y desarrollo de la infraestructura y sistemas de información y comunicaciones que requiere la biología molecular y la genética (Redes y bases de datos para el genoma, microarrays, ...). (Informática aplicada a la biología molecular y la genética)
Biología Computacional: computación que se aplica al entendimiento de cuestiones biológicas básicas, no necesariamente en el nivel molecular, mediante la modelización y simulación. (ecosistemas, modelos fisiológicos). (Informática y matemáticas aplicadas a la biología)
Biocomputación: desarrollo y utilización de sistemas computacionales basados en modelos y materiales biológicos. (Biochips, biosensores, computación basada en ADN, redes de neuronas, algoritmos genéticos). (Biología aplicada a la computación).
Básicamente, los sistemas informáticos que se emplean en este campo son:
- Bases de datos
- Software para visualización
- Programas para control de reactivos, geles y otros materiales
- Generación y ensamblaje de secuencias
- Programas para análisis de secuencias
- Programas para predicción de estructura de proteínas
- Paquetes de integración y ensamblaje de mapas genéticos
- Software para clasificación y comparación
- Técnicas de Inteligencia Artificial
- Gestión de datos
- Bases de datos locales o accesibles mediante redes de comunicaciones.
- Literatura médica y científica unida a las secuencias.
- Distribución de datos
- Redes de comunicaciones
- Aplicaciones
- Gestión de datos en el laboratorio
- Automatización de experimentos
- Ensamblaje de secuencias contiguas
- Predicción de dominios funcionales en secuencias génicas
- Alineación de secuencias
- Búsquedas en las bases de datos de estructuras
- Predicción de genes
- Predicción de la estructura de proteínas
- Evolución molecular. Árboles filogenéticos
- Información Científica
- Documentos de difusión y apoyo a la Bioinformática
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