Un programa encuentra genes perdidos en el genoma del nematodo
(NC&T) El Dr. Michael Brent, profesor de ciencias de la computación e ingeniería de la Universidad de Washington en St. Louis, es el creador del software y autor del hallazgo.
Brent usó el programa TWINSCAN en el genoma del gusano Caenorhabditis elegans (C. elegans). El genoma de otro nematodo, C. briggsae, se empleó también para determinar qué partes han cambiado en la secuencia desde el antepasado común más próximo de ambas especies.
El TWINSCAN pudo predecir el 60 por ciento de los genes del C. elegans. Este nematodo es un modelo biológico para el desarrollo y la genética animales, y fue el primer genoma animal secuenciado, lo cual se logró en 1998.
Los investigadores de nematodos dependen de una base de datos genética llamada WormBase. Junto con los genes confirmados, WormBase incluye miles de genes previstos pero no hallados aún, que ayudan a localizar genes. Estos genes previstos son el fruto de una labor combinada de un programa y de expertos humanos. Brent y sus colegas sostienen que la exactitud de la WormBase puede ser mejorada con el uso de las predicciones del TWINSCAN.
Dada la creciente velocidad de los ordenadores, el análisis mediante TWINSCAN del C. elegans puede usar modelos más exactos de longitud del intrón que los análisis anteriores. Esto es importante para encontrar los exones, que alojan la maquinaria de la codificación de proteínas. Definir el largo del intrón tiene implicaciones para el genoma humano, que es mucho mayor que el del C. elegans y tiene un promedio de longitud del intrón de casi 4.000 pares de bases, en contraste con los dos centenares de pares de bases del C. elegans.
 | | El gusano C. elegans. (Foto: WUSTL) |
Brent ha dirigido sus habilidades de bioinformática a muchos genomas de mamíferos, otras especies de nematodos y más recientemente el hongo Cryptococcus neoformans.
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